Crean na USC unha ferramenta para analizar as variantes xenéticas do coronavirus e a súa distribución

Os profesores da USC Antonio Salas e Federico Martinón veñen de compartir os achados (na prestixiosa publicación internacional Environmental Research), dunha plataforma de análise que permite coñecer os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos froito de grandes eventos de supercontaxio. A ferramenta bioinformática resultante do seu traballo, CovidPhy, ten un amplo potencial para avaliar as variantes xenéticas do coronavirus e a súa distribución xeoespacial.
En concreto, facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias da COVID-19 de pacientes co virus poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer, deste xeito, as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”.
Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica de xeito automático as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a clasificación de variantes alfa, beta, gamma, ou delta.
Como dixemos, CovidPhy posibilita tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de supercontaxio. Segundo indican os seus desenvolvedores, un dos trazos máis interesantes de CovidPhy é “a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (tecnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque do que se trata é de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.
Federico Martinón engade que “CovidPhy representa unha nova faciana visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo para analizar os seus resultados de secuenciado do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”
Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da Axencia de coñecemento en Saúde (ACIS) e a Axencia Galega de Innovación GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.