Até 20 expertos en algoritmos comparten coñecemento avanzado no evento StringMasters do CITIC

A sede do CITIC acolle até hoxe o encontro StringMasters A Coruña 2016, que ten como principal obxectivo o reunir a investigadores de string algorithms, para quen non o saiba algoritmos sobre secuencias e cadeas que localizan pautas, claves e patróns no seo dunha macro-información. Organizado polo Laboratorio de Bases de Datos da Universidade da Coruña, está a xuntar, compartindo información e asumindo retos conxuntos, máis de 20 expertos na materia. A primeira edición deste encontro tivo lugar na Universidade de McMaster (Canadá) en 2007, e esta é a primeira vez que se celebra na cidade da Coruña. Para enxergar o alcance e implicación do evento falamos con Susana Ladra, co-organizadora do mesmo.
Ladra lémbranos, entre outras cousas, que os devanditos algoritmos poden ter aplicación en múltiples ámbitos de interese sobre un mellor e máis amplo coñecemento de nós mesmos: dende a bioinformática e a bioloxía computacional (estudo pormenorizado do noso ADN) até o procesamento da linguaxe natural e a recuperación da información.
-Cal é o obxectivo desta xuntanza? Cara a quen se dirixe? Estudantes ou investigadores?
-Pois ten como obxectivo reunir a investigadores en temas de investigación relacionados con string algorithms, e estudar problemas abertos e de especial interese teórico e práctico que existen actualmente neste eido de actividade. Está dirixido a investigadores da área de todos os niveis (investigadores experimentados, estudantes, especialmente de doutoramento), e explotar todas as sinerxías e coñecementos dos participantes. É unha forma tamén na que os estudantes que se están a iniciar na investigación poden achegarse a expertos no campo e comezar traballos conxuntos con eles.
-O eixe temático das xornadas son os string algorithms, un concepto relativo á computación e que se emprega en traballos onde se manexan grandes cantidades de datos. Para quen non o saiba e non estea familiarizado con estes termos, que son os string algorithms? Cales serían as súas principais aplicacións na actualidade?
-O termo string algorithms refírese en xeral a aqueles algoritmos que traballan sobre cadeas de caracteres e secuencias, e que resolven problemas como a procura exacta ou aproximada de patróns (pattern matching), busca de repeticións en coleccións de textos, etc.
Por exemplo, existen numerosos algoritmos deseñados especificamente para as secuencias de ADN, que non son máis que cadeas de catro caracteres diferentes (G,A,C,T), de forma que é posíbel resolver diferentes problemas, desde os máis sinxelos, como pode ser a comparación de dos secuencias de ADN, até algoritmos máis complexos, como é o secuenciado dos xenomas. Con este exemplo pódese ver tamén a importancia de atopar algoritmos eficientes que permitan manexar grandes cantidades de datos, xa que podemos vernos na situación de ter que operar cunha base de datos de miles de xenomas de humanos (cada un de miles de millóns de bases), o que pode conformar conxuntos de datos de tamaño de terabytes.
Amais de no eido da bioinformática e a bioloxía computacional, estes algoritmos teñen aplicación en diferentes áreas como en recuperación de información, minería de datos, procesamento da linguaxe natural, visión artificial, compresión de datos, música, etc., e, en xeral, enfócanse desde a análise e deseño de algoritmos e estruturas de datos.
-Sinálase no programa do encontro StringMasters que se está a apostar pola fórmula da auto-organización para o desenvolvemento das actividades? En que consiste isto?
-Unha das características principais do encontro é efectivamente o desenvolvemento das reunións de traballo, xa que estas xorden da interacción entre os participantes. Realízanse sesións en común onde os investigadores explican de forma concisa diferentes problemas abertos nos que están a traballar ou nos que están interesados, e fórmanse grupos de traballo pequenos, normalmente de entre 2-5 investigadores que teñen interese nun mesmo problema. Desta maneira, refórzanse colaboracións existentes anteriormente e tamén se xeran novas colaboracións, tanto entre investigadores experimentados coma con novos estudantes. Así, o encontro desenvólvese de forma paralela en varias salas de reunións habilitadas co imprescindible para a investigación: encerado, papeis, bolígrafos e concentración.
-Os encontros StringMasters do CITIC non son novos. De feito, trátase de eventos con carácter internacional e itinerante que teñen a súa orixe na Universidade de McMaster (Canadá) en 2007. Como foron dar á Coruña? É certo que se trata da primeira vez que se celebran na nosa terra?
-Efectivamente os encontros StringMasters levan celebrándose en diferentes sedes desde hai case 10 anos, e contan xa con máis de 20 edicións organizadas en catro continentes, o que da unha idea da internacionalidade e éxito destes encontros. Este será o primeiro que se celebra en A Coruña, de feito nunca antes se celebrou en España. O impulsor desta edición coruñesa do encontro foi precisamente un investigador canadense que está actualmente como investigador invitado no grupo que organiza o encontro, o Laboratorio de Bases de Datos, quen asistiu a varias xuntanzas no pasado e animounos a organizar o evento aquí. Ademais, o evento serve tamén como lanzamento do proxecto europeo BIRDS (Bioinformatics and Information Retrieval Data Structures Analysis and Design), proxecto de H2020 que está coordinado polo grupo, e que durante os vindeiros catro anos ten como misión avanzar no eido da análise e deseño de estruturas de datos en bioinformática e recuperación de información, que como indicamos anteriormente, son escenarios onde os string algorithms son de vital importancia.
-Que destacaría vostede do programa de actividades?
-En xeral os encontros non teñen un programa formal, senón que está conformado simplemente polas sesións de traballo en grupos pequenos. Así, o máis destacado sería a primeira sesión de posta en común de problemas abertos. Nós incluímos dúas actividades no programa, que son a lectura dunha tese doutoral dun estudante da UDC e que está totalmente enmarcada na temática do evento, e os eventos de lanzamento do proxecto europeo BIRDS, tanto a presentación oficial ante investigadores expertos da área que servirán como avaliadores externos do propio proxecto, como a reunión inicial do proxecto entre os coordinadores das diferentes institucións involucradas no mesmo (Universidade da Coruña, Universidade de Helsinki, Instituto INESC-ID de Lisboa, Universidade de Chile, Universidade de Concepción, Universidade de Melbourne, Universidade de Kyushu, e Enxenio S.L.).
-Que vantaxes van poder tirar do evento os investigadores que participen no mesmo? Mellorar a súa experiencia e capacitación? Actualizar contidos? Cooperar con outros investigadores en réxime de igual a igual?
-Este tipo de encontros son unha oportunidade única para que os investigadores con intereses semellantes poidan coñecerse, crear ou fortalecer relacións e colaborar conxuntamente. Desde logo é un marco perfecto para actualizar os coñecementos, xa que póñense en común os problemas abertos que existen na comunidade. Ademais, as sesións están deseñadas para que os investigadores traballen de maneira moi efectiva, en pequenos grupos e de forma concentrada, de xeito que é moi habitual que xurdan resultados e avances nos problemas que se atacan.